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强直性脊柱炎的病因较复杂，目前尚无确切的病因，研究已经发现，强直性脊柱炎与人体的遗传因素、环境因素，感染等因素明显相关，特别是已经证实的，与人类的白细胞抗原HLA-B27基因，具有明显的相关性，在健康人群该基因的阳性率有2%-7%，而在强直性脊柱炎患者中，该基因的阳性率可高达90%。此外，吸烟也是强直性脊柱炎重要的诱发及预后不良因素，应尽早戒烟。