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沙眼衣原体感染引起结膜炎、肺炎，以及泌尿生殖系统感染。但这三种疾病临床缺乏特异性，因此临床需要检查沙眼衣原体。检查沙眼衣原体的方法有血清学还有病原学，通过这两种检测手段，检测出沙眼衣原体，以进一步诊断是否有沙眼衣原体引起的结膜炎、肺炎和泌尿生殖道系统感染疾病。新生儿衣原体肺炎，多发生在出生后4-11周，如合并包涵体性结膜炎，则高度提示为沙眼衣原体感染，应及时进行病原体检查，并排除其他细菌、病毒或支原体等感染。